A estrutura da FUNIBER faz uso do novo paradigma das Tecnologias da Informação, no que concerne à sua morfologia, à flexibilidade da organização e simbiose dos setores privado e público.
FUNIBER é associada, em cada país, a uma ou mais Universidades que compartilham sua mesma missão e visão. Elas redigem os conteúdos e ministram os Cursos. Em consequência, os alunos não são alunos da FUNIBER, mas sim da Universidade correspondente, podendo obter também o Diploma das outras Universidades participantes no Programa Acadêmico.
O Conselho Reitor é o responsável pelo planejamento, nível de qualidade, orientação, desenvolvimento e supervisão das atividades acadêmicas desenvolvidas pela FUNIBER. Está constituído por autoridades acadêmicas, assim como por profissionais de alta qualificação e experiência.
O Conselho Acadêmico é o órgão de acompanhamento e execução da atividade acadêmica da FUNIBER. Está formado pelos diretores nacionais e pelos coordenadores das seis grandes áreas de formação da FUNIBER. Conta com assessores que são professores universitários ou especialistas de renome nos diferentes campos de atividade da FUNIBER.
Convém destacar em cada área de conhecimento o Diretor Acadêmico, que assume a coordenação e gestão global de todos os recursos educacionais, tanto humanos como tecnológicos, para garantir a atualização, execução e qualidade dos programas acadêmicos.
Em cada país, a FUNIBER tem um Diretor Nacional, que assume a representação da Fundação e se identifica com o contexto nacional.